Die aktuelle Stouby Mühle wurde 1750 erbaut. Im Jahr 1790 sollte es dann an seinen heutigen Standort verlegt worden sein.
Zu der zeit ist es wahrscheinlich erweitert worden, um zwei Scheibenmahlwerke unterzubringen. Nach 1820,
als die landwirtschaftliche Produktion erhöht wurde, weil die Reformen, die im Jahr 1789 Vereinbart waren,
angefangen haben zu funktionieren und die Ergebnisse der Bildung der neuen Klasse von Bauern erwies sich durch erhöhte Erträge.
Die Förderungen an die Qualität der gemahlenen Getreide wurde erhöht, und wenn Ochsen mit Pferde als Zugtiere ersetzt wurde
gab es einen bedarf für Sieb sowohl als auch Quern.
Die Bockmühle hat den Vorteil, dass er relativ leicht zu zerlegen ist um den Umzug an einen neuen Standort durchzuführen.
Die Industrialisierung hatte Jahr 1790 noch nicht Stouby erreicht. Es war wie in der Mittelalter, mahlen von Getreide für
die in der Nachbarschaft liegende Landwirtschaft und Haushalte das die Existenz der Mühle war. So wie es sich seit 1250 war
als der Bockmühle in Dänemark eingeführt würde.
Der Bevölkerungszahl in Dänemark war im Jahr 1750 rund eine Million Menchen, von denen 80% oder mehr direkt von der
Landwirtschaft abhängig war und auf dem Lande lebte.
In die Mühle war der Müller "Hausherr" und er hatte wie Gutsbesitzer, Bauern und Handwerker autonomer Macht über seinen
Haushalt mit freien Disposition und Strafrecht.Der Müller hat damit Status wie den grösseren Grundbesitzern und konnte
mit Meistern der verschiedenen Zünfte verglichen werden.
Die wohlhabenden Bauern haben um 1850, nach der Vereinbarung des neuen Grundgesetzes, angefangen ihre Höfe zu kaufen und
Mühlen zu bauen. Danach mahlte die Mühle in Stouby meistens nur für arme Kleinbauern und Mietern die nicht das geld für
Mühle oder Quern hatte. Wie Assistenten und Tagelöhner der Begriff ein kümmerliches Dasein, während den wohlhabenden
Bauernbesitzern noch reicher und reicher wurde.
Im Jahr 1931 könnte es nicht mehr lohnen die Mühle in Betrieb zu halten. Der könnte aber auch ersetzt werden durch kleinere
Scheibenmahlwerke was mit einen Kerosin-Motor getrieben war. Auf dem Bauernhoffen gab es jetzt auch Scheibenmahlwerke was mit
Kerosin Motoren oder die neue Elektromotoren getrieben war, die die Windkaftanlagen ersetzen konnte und auch unabhängig vom Wetter waren.
Wo es jetzt Glasbläserei gibt, war damals eine Bäckerei. Der Bäcker hat wahrscheinlich schon vor der Mühle geschlossen war,
sein Mehl von Mühlen bekommen, was mit dampf betrieben war.
In den Fünfzigerjahren wurde von Ingenieur Anders Jespersen die erhaltungswürdigen Mühle von dem Nationalmuseum registriert.
Bei dieser Gelegenheit wurde Stouby Mühle als einzigartig registriert, weil sie die einzige Bockmühle in Dänemark ist,
wo drei Mühlen durch einem Treibwerk getrieben waren.
Im Jahr 1984 übernahm Sydfalster Gemeinde die Mühle. In Zusammenarbeit mit einer Reihe von Stiftungen war nun das Geld aufgetrieben,
um die Mühle zu restaurieren zu können. Die Restaurierung wurde zum grosen Teil von einem lokalen Tischler unter der Leitung
von Fred Dahl aus dem Nationalmuseum durchgeführt.
1986 Wurde das arbeit abgeschlossen und die Mühle versuchsweise wieder in Betrieb genommen. 1987 überlies Sydfalster den Betrieb
und Instandhaltung an Stouby Mühle Zunft. Heute ist die Mühle im Besitz von Guldborgsund Gemeinde, während Stouby Mühle Zunft
für Betrieb, Wartung und Vorführung steht.